يوم الاربعاء 21 تشرين الأول/ أكتوبر وبعد 100 يوم من المماطلة قام خامنئي الولي الفقيه لنظام الملالي الذي يشعر بقلق عميق تجاه تداعيات الإتفاق النووي (برجام) مع دول 5+1 على كيان نظام الملالي بإعلان تأييده مضطرا للإتفاق من خلال رسالته إلى الملا روحاني حيث كتب فيها انه أكد على موافقته على قرار المجلس الأعلى للأمن القومي بتطبيق الاتفاق النووي بتاريخ 10 آب/ أغسطس 2015.
انه وفي الوقت نفسه ونظرا إلى سياسة الدول الغربية الضعيفة والمعتمدة على إسترضاء النظام حاول وبأسلوبه الخاص للدجل بذكر بعض النقاط وشروط جديدة أو بإطلاق تصريحات مزودجة وغامضة ليبقي طريق انتهاك الإتفاق مفتوحا له ويمهد الطريق لوضع عراقيل أمام تطبيقه من جهة ويرفع معنويات قواته المنهارة من جهة أخرى.
وكان خامنئي قد أنهى في وقت سابق في 13 تشرين الأول/ أكتوبر 2015 الأزمة الخانقة والنزاعات غير المسبوقة التي طالت برلمان الملالي خلال دراسة هذا الإتفاق وذلك عن طريق وضع لجام على عناصر زمرته بحيث وصف زمر النظام الداخلية هذا التدخل بانه إنقلاب على البرلمان. كما أكد لاريجاني رئيس برلمان النظام في 18 تشرين الأول/ أكتوبر قائلا: « أنا لا اتدخل في النظر على الملف النووي. هذا الملف هو ملف القائد المعظم».
وبعد مرور ثلاثة أشهر على التوصل إلى الإتفاق النووي تفاقمت وتيرة نزاعات زمر النظام الداخلية حيث تجعل مكانة الولي الفقيه وبتبعه النظام برمته عرضة لخطر داهم. وفي مثل هكذا ظروف اشار خامنئي في رسالته الموجهة إلى روحاني لبعض شروط غامضة ومزدوجة بانه في حال نكث هذه الشروط من قبل دول 5+1 :« من واجب الحكومة القيام بالإجراءات اللازمة و إيقاف نشاطات الإتفاق النووي». كما انه أكد على ان « الإتفاق النووي يعاني من نقاط غموض و ضعف بنیویة و نقاط عدیدة إذا لم یکن حیالها مراقبة دقیقة و لحظیة فیمکن أن تؤدي إلى خسائر کبیرة لحاضر البلاد و مستقبله». كما كتب خامنئي: « في إعلان الاتحاد الأوربي و رئيس جمهورية أمريكا يجب التصريح بأن هذا الحظر سيرفع تماماً. أي تصريح بأن بنية الحظر ستبقى يعدّ بمثابة نقض للإتفاق النووي».
ليلة الاربعاء 21 تشرين الأول/ أكتوبر 2015 أكد عباس عراقجي نائب وزير الخارجية والمفاوض الأقدم لنظام الملالي خلال مقابلته مع التلفزيون الحكومي قائلا: لقد جاء في الإتفاق النووي بعض مما ذكره خامنئي من ملاحظات خلال رسالته إلى روحاني الا ان «خامنئي اضاف جانبا آخر من الضروري ان تتبعه الحكومة وتأخذه بنظر الإعتبار».
ان خامنئي وخوفا من استنكار المجتمع الدولي من الجرائم اللا انسانية التي ارتكبها النظام في إيران وإرهابه البربري في المنطقة كتب في رسالته «على مدى فترة الثمانية أعوام، سيعتبر وضع أي حظر على أي مستوى و بأية ذريعة (بما في ذلك الإرهاب و حقوق الإنسان) من قبل أي بلد من بلدان الجانب الآخر في المفاوضات، سیعتبر نقضاً للإتفاق النووي، و من واجب الحكومة … إيقاف نشاطات الإتفاق». واعترف عراقجي بأن ذلك مفهوم ورؤية جديدة وأن الحكومة ايضا تكون تابعة لقول ورؤية خامنئي.