بعد هزيمة الحشد الشعبي والمليشيات التابعة لفيلق القدس في التوغل إلى مدينة تكريت قد تحول مستقبل عناصر الحشد الشعبي إلى احد المواضيع العاجلة لدى قائد مليشيات بدر هادي العامري وقادة المليشيات الأخرين. وأثبت فقدان التنظيم وتبعية قيادة الحشد الشعبي لفيلق القدس أن الحشد الشعبي ليس لديه اي انسجام مع السلم القيادي العسكري والأجهزة الأمنية التقليدية مثل وزارتي الداخلية والدفاع. ويستغل فيلق القدس منه فقط بمثابة الذراع العسكري في الحرب الطائفية. الخطة المطلوبة لفيلق القدس بشأن تنظيم الحشد الشعبي هي ان يبقى الحشد كمؤسسة عسكرية مستقلة في الحكومة العراقية وعدم اندماجه في مؤسسات عسكرية وأمنية. كما يريد فيلق القدس تواصل مساحات نفوذ المليشيات وينوي أن يبقى الحشد الشعبي مع الاحتفاظ باستقلاليته بمثابة قوة عسكرية رسمية على غرار الحرس الثوري الإيراني للنظام في العراق حتي لا يتم تهميشه. ولذلك بقي آحد الخلافات بين قادة المليشيات بمن فيهم هادي العامري وابي مهدي المهندس والحكومة بخصوص مصير الحشد الشعبي وعلى وجه الخصوص إرتباطه بمؤسسة عسكرية معينة.
1- طلب فيلق القدس الإيراني من قادة المليشيات ان تبقي عناصرالحشد الشعبي في اطر الألوية القتالية لكي تكون بهذه الوسيلة تعمل بإمرة فيلق القدس لاستخدامها كقوة قتالية في الحرب الطائفية وكذلك ورقة ضغط في تطورات العراق السياسية.
2- بسبب عدم تحديد موقع نهايي لقيادة الحشد الشعبي طلب فيلق القدس من قاده المليشيات ان ينظموا ويدمجوا جزءا من عناصر الحشد الشعبي التابعه لهم في الفرقة الذهبية ووحدات من الشرطة الاتحادية لتوفير الأرضية لفرض قدرة عسكرية وكذلك تسهيل تواجدهم في مناطق الاشتباك ضد أهل السنة لممارسات طائفية في المستقبل.
3- يعتبر كل من هادي العامري وأبو المهدي المهندس وابو مصطفى الشيباني العناصر الرئيسية في هيئة الحشد الشعبي لمتابعة شرعنة نشاطات عناصر الحشد الشعبي بشكل رسمي ليتمكنوا من العمل كمؤسسة عسكرية مستقلة مثل الشرطة والجيش باستقلال كامل في العمل.
4- بخصوص الوضع القانوني لقوات الحشد الشعبي زار قيس الخزعلي طهران في أواسط نيسان/إبريل والتقي بمسؤولين في مكتب خامنئي وكذلك قادة فيلق القدس والباسيج (التعبئة ) للحرس الإيراني ومن خلاله قد طلب من قيس الخزعلي ان يعارض بقوة باندماج عناصر الحشد الشعبي في وزارتي الداخلية والدفاع.
5- بعد عودة قيس الخزعلي من طهران، عقد هادي العامري اجتماعا بمشاركة ابو مهدي المهندس وقادة الحشد الأخرين تمت فيه مناقشة وضعية الحشد الشعبي وفكرة ربط عناصرها بمكتب رئيس الوزراء وكان جميعهم موافقين بشأن الفكرة التي طرحت في الاجتماع لانهم في حال ربطهم بالمكتب يستطيعون ان ينفذوا ممارساتهم تحت غطاء قرارات حكومية.
6- فيما يخص فكرة ربط عناصر الحشد بمكتب رئيس الوزراء التي تم املاءها من قبل فيلق القدس يستنتج هادي العامري بان منصب رئاسة الوزراء في اي حكومة تكون حصة المكون الشيعي دوما فلذلك في حال ربط عناصر الحشد بمكتب رئيس الوزراء لن يواجه هؤلاء العناصر في المستقبل اي تهديد بشأن حذفهم او إندماجهم ولكن نظرا إلى ان وزارتي الداخلية والدفاع لا يمكن ان يكون ضمن حصة الشيعة في اي حكومة فلهذا سيتعرضون عناصر الحشد بالإنهيار او الحذف.
7- أكد هادي العامري في حال معارضة الحكومة لهذه الفكرة فعلينا ان نطالب بربط هذه القوى بمكتب مستشار الأمن الوطني فالح الفياض لانهم يعلمون في هذا التنظيم فانهم طلقاء لمواصلة ممارساتهم الطائفية باستخدام التسهيلات الحكومية.
8- في أواسط نيسان/إبريل طلب المالكي خلال الاجتماع الذي عقد في بغداد بمشاركة قادة المليشيات والحشد الشعبي بتعزيز مكانة الحشد الشعبي باعتباره المؤسسة العسكرية الرسمية ذات تركيبة مستقلة. وفي الاجتماع الذي أقيم تحت عنوان التهديدات في الدول الاسلامية في المنطقة طلب المالكي ببقاء الحشد الشعبي مع الاحتفاظ باستقلاليته وعلى شكل مؤسسة بموازاة القوى العسكرية الحكومية باعتباره ذراع سياسية وعسكرية مقتدرة بيد الائتلاف الشيعي.
9- طلب المالكي في الاجتماع بشأن أعمال الحشد الشعبي في مناطق الاشتباك التي كانت ترافقها السرقة والنهب والقتل وإبادة المواطنين من الفضائيات الموالية للائتلاف الشيعي ان يبذلوا كل جهدهم الاعلامي بهدف اضفاء الشرعية للحشد الشعبي وباعتباره المؤسسة العسكرية التابعة للمرجعية وببث افلام ومقابلات يحسنون سمعة الحشد الشعبي التابع لفيلق القدس بخصوص ما قام به من الإبادة والقتل في محافظة صلاح الدين.